由于日本古代特殊的虚君体制，使得日本皇室的地位极少受到冲击，日本国内豪杰争天下争夺的是幕府将军的职位，所以日本皇室号称是“万世一系”，即便是战国时代天下大乱的时候，也没人去动天皇，日本国内纪年什么的也还是统一的，所以，很多人可能认为日本从古至今一直都是（至少名义上）是一个王朝，因为，毕竟名义上的国家元首都是一脉相承的嘛。
不过，事实上也并非如此，日本国内也曾出现过一次名义上的分裂时期，这就是“日本南北朝”，这指的是年至年间日本历史上皇室分裂为南、北两个天皇的时代，这段时间，两方有各自的皇位承传，也各自有朝廷并立对峙，均认为自己是正统。
日本南北朝时期，各地是非常混乱的
这种情况发生在日本一个极为特殊的时代：公家（天皇的朝廷）和武家（武士集团）激烈竞争的时期。
刚刚已经提到了，日本古代有特殊的“虚君体制”，简单点说就是天皇和朝廷不管事，这局面也不是一开始就这样，也有一个形成过程，这里面有一个很重要的因素就是日本古代的庄园，这是是指由贵族、大寺院、神社所占有，具有经济效益的领地，规定让开垦耕地的人永久拥有耕地，这使得开拓者后来结合成利益集团，更武力兼并庄园，渐成各地武家实力的来源，形成了著名的武士集团，这在在政治上削弱了天皇和朝廷的权威，使得地方豪族势力强大，至于为何日本没有出现类似中国、朝鲜和越南一样相对强大的中央集权，这可能和日本国内极为松散的地形有关。
这种被山川分离地支离破碎的地形，形成松散政治格局是必然的
于是，日本事实上的掌权者渐渐成了武家栋梁（军事贵族），统治阶级渐渐成了封建军事地主集团（武士阶级），皇室和文官集团的权力被一步步蚕食，这自然引发不满，日本第一个武家政权是镰仓幕府政权（现在一般往前追溯二十年，将平清盛建立的平氏政权也视为武家政权），这个时候，武家权力机构镰仓幕府作为执掌军事警察权和一部分裁判权的武家权门机构，但是天皇和朝廷代表的公家政权也有一定权利，他们共同支配国家。镰仓幕府与公家朝廷在长时间内保持着合作的友好关系。
镰仓时代后期，由于后嵯峨天皇由于废长立幼，两个皇子先后即位（后深草天皇和龟山天皇），使得皇室分为持明院统和大觉寺统两个家族，为争夺皇位斗争激烈，在镰仓幕府的调停下，双方约定由两派轮流担任天皇，即“二统迭立”，这埋下了一个很大的祸根。
以天皇为首的朝廷对于武士集团本就很不满，这段时期日本受到了古代以来最大规模的外部入侵：元朝两次攻击（分别在年和年）。这使得日本进行了大规模国家动员，使幕府进一步加强了对日本的统治，那皇室地位进一步下降。
不过，镰仓幕府面临一个尴尬的情况：受货币经济影响（因为打击的外部敌人，所以没办法获得政敌的土地进行瓜分），无法恩赏抗元官兵，这让很多下层武士集团不满，他们为了弥补战争给自己造成的经济损失和恢复自己的实力，就加紧侵占“公地”并想办法蚕食庄园并加大压榨力度，这样农民也不满了，于是，在武士和农民的反对下，镰仓幕府岌岌可危。
这样的话，坐镇京都的皇室和公卿觉得机会来了，他们到处联络，以求反幕，这里面的核心人物是后醍醐天皇(公元年—公元年在位），正中元年（年），镰仓幕府发现了后醍醐天皇的倒幕企图，责令六波罗探题将天皇身边的日野资朝等人处分，史称正中之变。镰仓幕府不知该如何处置天皇，这使得天皇更加坚定了反幕的意图。
后醍醐天皇继续拉拢寺院势力，年准备再度反幕，当然，幕府有着强大的耳目，所以天皇阴谋很快破产，后醍醐天皇携带三神器逃出京都，以比叡山为据点，举兵讨幕，结果在幕府强大的军事实力面前输得干干脆脆，镰仓幕府这次将策划倒幕的后醍醐天皇废黜，拥立持明院统的量仁亲王即位，是为光严天皇，而后醍醐天皇被流放隐岐岛。
后醍醐天皇被镇住了，但各路倒幕势力镇不住啊，刚刚说了，不满幕府的可不仅仅是天皇，是各派武士势力和农民，大家都不认这个老大了，于是，日本各地的倒幕派护良亲王、河内国的楠木正成、播磨国的赤松则村（圆心）等人都表示要效忠天皇。
年后醍醐天皇，逃离隐岐岛，逃至伯耆国船上山（今鸟取县东伯郡琴浦町内）举兵讨幕，镰仓幕府派遣足利高氏（即后来的足利尊氏）前往征讨，但足利高氏倒戈了，各地讨幕声浪不断，北条氏的镰仓幕府灭亡了。
镰仓幕府
现在这江山是谁坐呢？首先光武天皇先下来当上皇吧，后醍醐天皇自己坐皇位，后醍醐天皇当时最关心啥事呢？他关心皇位继承，前文提到，由于皇室分裂，所以有了“二统迭立”的规矩，按照这个规矩，后醍醐天皇当政的时候，应该由另一派后二条天皇的皇子为后醍醐天皇的皇太子。但他不乐意，他要立自己的亲儿子，因为这个规矩是幕府立的，所以他坚定地要打击幕府，建立皇室权威。
现在坐稳了江山，后醍醐天皇立刻宣布推行新政（建武政权），重整天皇亲政的政治机构，废除幕府，他照顾“自己人”（皇族，贵族，寺院主），把之前镰仓幕府欺负他们，收了他们的地重新分配回去了，但是武士的土地呢？则做出限制。在用人上，仅重用京都公家贵族，轻视武士。而且，要加大对小地主，自耕农等集团的压榨程度以供养贵族。
即使是明治维新之后的“王政复古”也只是个名义，实际上权力仍然在西南藩阀手里
但是，一个政治体制的建立是要符合经济基础的，天皇这个“复古”是根本行不通的，这个政权实际是反动统治政权，根本不符合当时日本实际情况，建武政权搞得秩序一片混乱，倒幕大将足利尊氏非常不满，再度反乱，于是年，足利尊氏发动延元之乱，强迫后醍醐天皇退位，并立持明院统之光明天皇，光明天皇策封他为征夷大将军，建立室町幕府。
这又是一个武家政权，不过，他没统一。
后醍醐天皇被迫退位后，不安分，逃走了，还带着象征日本皇室的“三神器”，退往大和（今奈良县）复辟了！这就成了“一天二帝南北京”的分裂局面，室町幕府这个武家政权成为事实上的北朝；而且随着日本进一步发展，武家政权更强化，朝廷实际已经成为傀儡，“公武二元体制”已经失败。
那南朝呢？日本南朝则是皇室为核心，后醍醐天皇声称交给足利尊氏的三神器是赝品，新田义贞奉尊良亲王和恒良亲王前往北陆；怀良亲王为征西将军，前往九州；宗良亲王前往东国；义良亲王前往陆奥。向各地送出皇子镇守，南朝势力一开始更强，势力比北朝更为强盛，领有奥州、北陆、甲信全境及东海、畿内之大半，达到日本现疆域的五分之三，但南朝显然是个不合时宜的政权，动员力等都差了很远，所以渐渐被压了下去。
年八月十五，后醍醐天皇让位给了回到吉野的义良亲王（后村上天皇），翌日遗言“讨灭朝敌、夺回京都”，在吉野的金轮王寺驾崩，享年52岁（满50岁）。南朝下属的住吉大社宫司津守氏在庄严净土寺为后醍醐天皇举行大法要。
有意思的是，北朝的足利尊氏为了吊唁后醍醐天皇，在京都建立天龙寺，虽然是政敌，但毕竟曾经是天皇，按照规矩也是要悼念的。
南北朝分庭抗礼，北朝为了国家统一，不断打击南朝，逐渐取得优势，但后来自己内政出了问题，幕府也分裂了，这一混乱时期使得南朝突然又取得一段时间优势，但北朝内部混乱平定后，再度兴盛并开始反攻，年，北朝包围奈良，南朝后龟山天皇将三神器交给北朝后小松天皇，历时56年的南北朝时代结束。
日本的南北朝是以北朝胜利告终的，这实际是符合历史规律的，因为以日本古代的实际情况，统一的皇权基本不可能。所以，后世的日本天皇，基本都是北朝一系的。一直到明治维新前，日本都是武家政权，自然北朝也是正统。
不过，很有意思的是，20世纪初期，日本左派政治家幸德秋水挑起了当时明治天皇的正统性问题，明治天皇（实际是日本国会）最后作出结论：以南朝天皇为日本的正统，北朝天皇保留名号，但不列入正统。
这就很尴尬了，明治天皇认南朝为正统当然好理解，因为明治维新后理论上“王政复古”嘛，自然天皇执政的政权是正统嘛，武家政权当然不合法统了，可问题是：明治天皇是北朝后裔啊！
幸德秋水是故意挑事，他是反天皇制的，结果被逮捕，他在法庭上自辩：“现在的天子，不也是暗杀了南朝天子而抢走三种神器的北朝天子吗?”
日本军阀政府可能恨幸德秋水，但他提出这问题还真麻烦，日本全国都是一片混乱，怎么解释呢？这个嘛，其实也好解释，反正都一个皇室嘛，“三神器”在哪里，哪里就是正统嘛，总算圆过去了。
不过，想挑事的也有，二战结束后，日本皇室权威一落千丈，昭和天皇的权威竟然受到一个小卖部老板的挑战，这个人叫熊泽宽道，是一位日本僧人和商人，出生在爱知县名古屋市，他自称是南朝天皇的子孙，甚至还向联合国军最高司令官总司令（GHQ）麦克阿瑟送达了请愿书，自称是日本正统的天皇。
“熊泽天皇”
驻日美军听闻有此事大惊，高度